Parmi les problèmes qui se posent au thésard, l'insuffisance ou la mauvaise qualité de l'encadrement sont évoquées. Nous tenons toutefois à rappeler qu'il est normal à nos yeux que tous les doctorants commençant une thèse ne s'avèrent pas être des chercheurs de haute volée : la formation doctorale est une période d'essai à la recherche. Durant cette période, il est normal et souhaitable que les goûts s'affirment, se précisent, que la motivation se clarifie. À l'issue de sa thèse, le jeune docteur s'engagera alors dans une voie académique ou industrielle. Il devra également choisir entre une dominante de recherche ou une dominante plus pédagogique. Il n'est pas non plus exclu que la recherche ne lui convienne pas.
Toutefois, dans un nombre non négligeable de cas, la qualité de la formation dispensée est en cause et conduit à un inacceptable gâchis de ressources humaines et, par la même occasion, de deniers publics. En particulier, les points suivants sont souvent mentionnés :
Enfin, et là réside la difficulté, un compromis doit être trouvé entre un problème bien ciblé, présentant donc un minimum de risques pour le doctorant, et la nécessité d'affronter les frontières du connu dans toute leur étendue, afin d'acquérir la hauteur de vue qui est la marque du véritable chercheur.
S'il est vrai que des personnalités exceptionnelles ont pu assurer simultanément à un grand nombre de doctorants une formation de qualité, nous doutons fortement que cela soit possible pour l'immense majorité des chercheurs, aussi compétents soient-ils.
Que penser aussi du cercle vicieux induit par la part croissante des contrats dans le financement de certains laboratoires ? La croissance des ressources contractuelles (contrats industriels, contrats de l'Union Européenne, programmes) dans le fonctionnement des laboratoires conduit certains d'entre eux à embaucher, au delà du raisonnable, un nombre croissant de thésards (ou de docteurs en stage post-doctoral) afin de disposer de la main-d'oeuvre nécessaire à l'accomplissement du travail contractuel.
Enfin, cette mauvaise définition des rôles est souvent la conséquence d'un problème de communication au sein des laboratoires. Cette ``loi du silence embarrassé'' peut parfois empêcher le rattrapage de situations délicates et gâcher la formation doctorale de l'étudiant. Il est vrai que la formation des chercheurs ne comporte aucun volet ``relations humaines''...
Nous sommes conscients de la difficulté et de la complexité des problèmes présentés ici. Toutefois, il nous a semblé important que ce rapport soulève ces questions de ``vécu'', même si la solution de certains d'entre eux passe plus par un changement des mentalités que par une action réglementaire ou législative.